渠道基槽及膜面防滲層中，常有梯形、階梯形、鋸齒形、矩形等4種類型，常用的斷面多為梯形，其優點是斷面小、節省工省料、操作方便、邊坡穩定。在梯形和鋸齒形斷面中，坡度系數m1=m2具有良好的抗滑性；缺點是土方量大，用工多，膠片材料消耗多。長方形斷面的優點是防止蘆葦穿透性好，穩定性好；缺點是土方量大，用料多，這種型式更適合蘆葦的穿透性問題。

土工膜防滲通道應采用埋藏膜結構，其結構分為有過渡層和無過渡層兩類。對巖石、砂礫渠道進行鋪膜時，應設置過渡層。一般情況下，在鋪設土溝時，地下水位較高且存在內水壓力的情況下，應設置排水層，降低地下水位，以避免產生水膜破壞溝坡。

通道截面尺寸采用水力計算確定。在設計時考慮的因素包括：設計流量、縱坡、渠高、邊坡系數、允許流動速度、渠底土性質和基本斷面型式等。渠道沖刷是造成薄膜防滲通道保護層破壞的原因之一。保護層被破壞后，薄膜被暴露，容易受損并喪失其防滲能力。為了避免出現這種情況，通道流速度應限制在允許的范圍內。